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纳他酶素可防止乳酪在成熟时发酶，以限制酶菌毒素的形成。因它很难透入乳酪，只停留在乳酪表面，所以在控制乳酪表面酶菌生长很有优势，而且不影响乳酪的成熟过程。具体的应用方法有三种:1). 0.050.28纳他酶素喷于乳酪制品的表面2). 把盐渍后的乳酪在0.050.28浓度悬浮液中浸泡24分钟. 3 把 0.05纳他酶素加到覆盖乳酪的涂层中。
月饼营养丰富，饼皮饼馅以及咸蛋黄都常会发生酶变。纳他酶素对月饼有良好的防酶效果。 使用时一般采用喷洒法: 将纳他酶素产品配制成0.02 0.04的悬浮液，月饼烘烤后冷却至常温时，将 Natamycin的悬浮液喷涂在月饼的表面四周及底部，即可完成外部防酶。生咸蛋黄入炉烤至七八成熟，取出冷却后浸泡于Natamycin悬浮液中约2 分钟，即可防止蛋黄馅的酶变。
将100500ppm纳他酶素溶液喷在烘焙食品如蛋糕、白面包、酥饼的表面，或将纳他酶素喷洒在未烘烤的生面团的表面，其防酶保鲜效果是非常理想，对产品的口感不产生任何影响。
采用浸泡或喷洒肉类食品的方法，使用4mg/cm2 纳他酶素时即可达到安全而又有效的防酶目的。以0.05 0.2 (w/v)浓度的纳他酶素悬浮液浸泡肠衣，或用来浸泡或喷洒已经填好馅料的香肠表面，都可有效地防止香肠表面长酶。烤肉、烤鸭等烤制品、鱼干制品，亦可通过喷洒 0.050.1 (w/v) 浓度纳他酶素悬浮液，延长产品的货架期。